Владимиро-Суздальский музей-заповедник находится в крае, известном значительными археологическими комплексами, такими, как всемирно известная палеолитическая стоянка Сунгирь, культурный слой города Суздаля, его некрополь и сельская округа, культурный слой древнерусских городов Владимира, Ярополча Залесского, Юрьева-Польского и др. С первых лет своего существования музей совместно с научно-исследовательскими организациями нашей страны проводил раскопки этих памятников. Материалы этих раскопок и случайные находки составляют фонд археологии Владимиро-Суздальского музея-заповедника, насчитывающий более 144 237 предметов основного фонда. Фонд археологии включает в себя уникальные находки из погребений со стоянки Сунгирь; обширные коллекции кремневого инвентаря и неолитической керамики; изделия из металла, камня и керамика эпохи бронзы; предметы быта и украшения финно-угров; произведения декоративно-прикладного искусства и предметы материальной культуры Древней Руси. Фонд археологии охватывает временной период от эпохи верхнего палеолита (25 тыс. лет т.н.) до XVIII века.

Начало формирования нумизматической коллекции музея-заповедника было положено Владимирским губернским статистическим комитетом в 1869 г. Большую роль в определении достоинства и ценности поступавших в музей нумизматических редкостей сыграли члены Губернской учёной архивной комиссии. До начала ХХ века комплектование нумизматического фонда происходило стихийно и полностью зависело от возможностей и доброй воли дарителей. После октябрьских событий 1917 года собрание нумизматики пополнили экспонаты из музея 9-го гренадерского Сибирского полка и имения Трегубовых в с. Лаптево Владимирской губернии, монеты из ризницы Успенского собора и Владимирского отделения Госбанка. Дальнейшие тенденции формирования фонда определило поступление богатейшей коллекции медалей, знаков и жетонов, принадлежавшей полковнику М.И. Полянскому (1857–1924), историку, археологу и собирателю древностей. Однако при передаче в музей источники происхождения отдельных памятников оказались утрачены, а специфика нумизматических материалов не позволяет определить данные поступления по весьма скудным обрывочным описаниям. Кроме того, значительные потери коллекция понесла в 1920–1930-е годы, в связи с начавшейся в стране политикой перераспределения художественных ценностей и сдачи их в Госфонд. В настоящее время нумизматическое собрание Государственного Владимиро-Суздальского музея-заповедника насчитывает около 54 тысяч экспонатов, хронологически охватывающих период от античности до современности: • русские и иностранные монеты; • памятные, наградные, сувенирные медали, знаки и жетоны; • банкноты, боны и ценные бумаги; • личные и служебные печати; • монетные и денежно-вещевые клады

Фонд живописи ВСМЗ насчитывает более двух тысяч предметов. Начало формирования его неразрывно связано с деятельностью Губернской учёной архивной комиссии на рубеже ХIХ–ХХ веков. После 1917 года коллекция значительно пополнилась за счёт поступлений в ходе национализации из имений: Воронцовых-Дашковых – Андреевское, Храповицких – Муромцево, Леонтьевых – Фетинино и др. Переданные из Государственного музейного фонда произведения В. Тропинина, А. Саврасова, В. и А. Васнецовых, В. Маковского, В. Серова и др. относятся к наиболее ценному в живописной коллекции музея. Следующим этапом в пополнении собрания стали 1960–80-е годы; благодаря приобретениям из частных собраний и художественных салонов Москвы и Ленинграда коллекция обогатилась произведениями крупнейших русских мастеров. Одним из главных моментов стало комплектование работ владимирских живописцев. В фонде живописи ВСМЗ можно выделить несколько разделов: дореволюционная русская живопись XVIII – начала XX в., искусство советского периода, произведения владимирских художников, западноевропейская живопись. Хронологически коллекция охватывает период с XVII века по настоящее время.

На сегодняшний день коллекция насчитывает 11 612 предметов. Она начала формироваться ещё до Октябрьской революции 1917 года. После 1917 года коллекция пополнилась предметами из национализированных дворянских имений, закрытых церквей и монастырей Владимирской губернии. Начиная с 1920-х годов в собрание стали поступать образцы тканей, выпускавшихся на текстильных предприятиях Владимирского края. Передавались в коллекцию предметы и из других музеев — Государственного Исторического музея, Государственного Русского музея, Мстерского краеведческого музея. В дальнейшем коллекция пополнялась этнографическими материалами, собранными в экспедициях по Владимирской области, и предметами быта, одеждой, обувью, головными уборами, образцами рукоделий, переданными в музей-заповедник частными владельцами. Происходило пополнение коллекции как отдельными мемориальными предметами, так мемориально-вещевыми комплексами. Регулярно проводились закупки авторских предметов декоративно-прикладного искусства. Отдельные памятники были переданы в результате археологических раскопок на территории Суздаля и Владимира. Основные разделы коллекции: 1. Культовые предметы — образцы лицевого и орнаментального шитья конца XIV–XVIII века, церковное облачение и утварь XVII – начала XX века. 2. Народный крестьянский костюм – предметы мужской и женской одежды, головные уборы и различные элементы народного костюма конца XVIII – начала XX века. 3. Городской костюм – мужская и женская одежда, нижнее бельё, аксессуары и головные уборы второй половины XIX – конца XX века. 4. Образцы домотканых и фабричных тканей, кружева и вышивки XVII – второй половины XX века. 5. Предметы быта – постельное бельё, портьеры, полотенца, столовые наборы и ковры конца XIX –второй половины XX века. 6. Форменная одежда – военные и чиновничьи мундиры второй половины XIX – первой половины XX века, образцы парадного и повседневного обмундирования солдат, офицеров и генералов советской армии второй половины XX века. 7. Предметы декоративно-прикладного искусства – авторская вышивка, гобелены и вышитые картины XIX – второй половины XX века.

Коллекция фондов насчитывает около 5,5 тысяч единиц хранения. Фонды комплектуются с начала 1970-х годов. Хронологические границы коллекции – 1960–1990-е гг., т.е. вторая половина XX века. Фондовое собрание включает коллекции живописи, графики, скульптуры и произведений декоративно-прикладного искусства, выполненных из керамики, дерева, ткани, металла, камня, кости, стекла, меха. Все вещи созданы мастерами-любителями. В рамках собрания сложились подколлекции: наивного искусства, игрушки, бытовой утвари, национального искусства народов России – народов Севера, Сибири и Дальнего Востока, Кавказа, Поволжья. Вещи из этого собрания регулярно принимают участие в различных российских и зарубежных выставках.

В коллекции в настоящее время насчитывается более 3000 экспонатов. Начало коллекции было положено в 1920-е годы, когда в музеи Владимира и Суздаля передавались утварь и иконы из закрывающихся местных монастырей и храмов. В последующие годы коллекция пополнялась путём закупки у населения, а также благодаря передаче части экспонатов из фондов Государственного Исторического музея. Ряд памятников появился в коллекции в результате археологических раскопок на территории суздальского Ополья.

Собрание икон музея-заповедника насчитывает 1800 произведений. Художественную основу коллекции составляют произведения из ризниц соборов, церквей и монастырей Владимира и Суздаля, поступившие в музей в 1920–30-е годы. В более позднее время коллекция пополнялась во время экспедиций, путём закупки у населения, передачи произведений из других музеев (Третьяковской галереи, музея им. Андрея Рублёва). Иконы музейного собрания датируются XII–XX веками. Музей хранит уникальные древние иконы «Богоматерь Боголюбская» (1158–1160 гг.) и «Богоматерь Максимовская» (ок. 1299–1305 гг.). Раритетом ВСМЗ является также икона «Богоматерь Владимирская» работы Андрея Рублёва, написанная в 1395 или 1408 году. В музейной коллекции икон можно выделить следующие разделы: 1. Произведения XV–XVI веков ростово-суздальской, московской, новгородской живописных школ. 2. Произведения XVII–XVIII веков, среди них – две иконы Симона Ушакова («Богоматерь Владимирская» 1660 г. и «Богоматерь Киккская» 1675 г.), а также работы его учеников (Георгия Зиновьева, Кирилла Уланова) и последователей. 3. Наиболее многочисленны произведения XIX – начала XXI века, среди которых выделяется коллекция мстёрских икон (более 100 произведений) и несколько современных икон, написанных местными иконописцами. Небольшой раздел мелкой пластики включает кресты и образки, выполненные в XVII–XIX вв. в технике резьбы по дереву, камню и перламутру.

Коллекция насчитывает на сегодняшний день 11 472 предмета основного и 201 предмет научно-вспомогательного фонда. Формирование коллекции связано с именем И.С. Мальцова (1807–1880), владельца Гусевской хрустальной фабрики с 1823 по 1880 год, который начал собирать при фабрике уникальные изделия из стекла, а также образцы массового производства. В 1981 году завод передал обширную коллекцию Музею Хрусталя. В последующие годы собрание увеличивалось за счёт приобретений у частных лиц, закупки в магазинах, передачи из различных организаций города. В настоящее время коллекция представляет собой крупнейшее собрание предметов из стекла истоpико-бытового характера начиная с середины XVIII столетия и произведений современного декоpативно-пpикладного искусства. Важнейшие разделы коллекции: 1. Гравированное стекло XVIII столетия; 2. Произведения эпохи модерн, в том числе уникальные изделия ведущих европейских стекольных фирм; 3. Массовая продукция гусевского хрустального завода, начиная со 2-й половины XVIII столетия до современности; 4. Образцы продукции стекольных российских заводов, начиная со 2-й половины XIX столетия до современности; 5. Современные авторские декоративные пластические композиции из цветного стекла. Коллекция охватывает временной период со 2-й четверти XVIII столетия до нашего времени.

В настоящее время в книжном собрании музея, которое содержит около 8 тысяч единиц хранения, выделены три фондовых коллекции книжных памятников: рукописи (шифр КР), книги старой печати (шифр КС) и книги гражданского шрифта (шифр КГ). Фонд рукописной книги насчитывает около 1200 единиц хранения XV–XXI веков. Около сотни рукописей датируются XV–XVI веками. Одна из наиболее ранних книг коллекции – Сборник патериков (первая треть XV века). Фонд старопечатной книги включает в основном памятники кирилловской печати XVI – начала XX веков. Он содержит около 1300 единиц хранения, из которых 30 относятся к XVI веку и около 600 – к XVII. Наиболее раннее издание в коллекции –Библия (Пятикнижие Моисеево) печатника Франциска Скорины, увидевшее свет в Праге в 1519 году. Фонд гражданской книги в силу особенностей профиля музея-заповедника включает как памятники старой печати гражданского шрифта XVIII века, так и книги мемориальных комплексов выдающихся людей XIX–XX веков, связанных с Владимирским краем, а также многое другое.